Майк Уитакър, който оглавяваше Федералната авиационна администрация по време на управлението на Байдън, се оттегли преди новата администрация и длъжността все още не е заета, оставяйки авиационната агенция без ключов лидер по време на една от най-смъртоносните авиационни катастрофи в американската история.
През декември Уитакър написа на служителите на ФАА, че ще прекрати петгодишния си мандат в деня на встъпването в длъжност, доста преди края на мандата. Уитакър стана администратор през октомври 2023 г.
Той влезе в сблъсък с главния изпълнителен директор на SpaceX и ръководител на Департамента за правителствена ефективност Илън Мъск относно надзора на агенцията върху изстрелването на ракети. Заместник-администраторът Кейти Томсън също напусна на 10 януари, което е вторият ключов свободен пост. Мъск призова Уитакър да подаде оставка през септември, след като той даде показания пред Конгреса и бе изправен пред тежки въпроси относно надзора на агенцията над SpaceX.
Според уебсайта на FAA, наред с ролите на администратор и заместник-администратор, агенцията не разполага с помощник-администратор на летищата, помощник-администратор по сигурността и безопасността на опасните материали, главен съветник, помощник-администратор по комуникациите, помощник-администратор по въпросите на правителството и индустрията и помощник-администратор по политиката, международните въпроси и околната среда, тъй като новата администрация увеличава ръководството си.
Доналд Тръмп уволни и ръководителя на Администрацията за транспортна сигурност Дейвид Пекоске в деня на инаугурацията. Агенцията все още не е заела длъжността на Пекоске или на заместник-администратора.
Министерството на транспорта само преди няколко дни утвърди Шон Дъфи за ръководител на агенцията, която контролира FAA. Дъфи предоставяше актуална информация от министерството и от мястото на събитието на Националното летище „Роналд Рейгън“ във Вашингтон.
