След убийството на св. Йоан Кръстител погребали тялото, а главата му била скрита в имението на Ирод. То било купено от християнин, който искал да построи там църква. При строежа била намерена главата на св. Йоан. Този християнин я скрил на същото място и тя била намерена за втори път през IV в. от монаси. След това главата попада у един грънчар.

Той я скрил в земята близо до дома си, където по-късно издигнали манастир. В него през V в. станало третото намиране на главата на св. Йоан. Св. Йоан Кръстител се възпоменава няколко пъти в годината: на 7 януари, на 24 февруари, на 25 май, на 23 септември, на 24 юни, на 29 август, както и всеки вторник през годината. След като главата на св. Йоан Кръстител била отсечена, учениците погребали тялото му в Севастия, а главата неговите врагове скрили в Иродовия дворец. Християнката Йоанна узнала това и погребала светата глава в имението на Ирод, на Елеонската планина.

В течение на годините светата глава на Йоан Кръстител била намирана няколко пъти. Първо я открил човек, който бил решил да строи на мястото, където била погребана, църква. По чудесата, които ставали на това място, той узнал, че у него е главата на Св. Йоан и я пазел като светиня. Преди да почине, за да я запази от върлуващите езичници, той я скрил пак на това място, където я намерил. Второто намиране на честната глава на великия пророк и кръстител Господен било от двама монаси през IV в.

По-късно Светата глава попаднала в ръцете на беден грънчар, след това в ръцете на един човек, изпаднал в заблудата на арианската ерес, който отново скрил главата в земята. На същото място бил издигнат манастир. След дълго време, през 5-ти век, благочестивият архимандрит Маркел узнал за реликвата чрез явяване на самия Предтеча. Тогава станало третото намиране на главата на Св. Йоан. По повеля на император Маркиан главата била пренесена от Емеса в Халкидон, а после – в Цариград.

Едва ли има друг християнски светец като св. Йоан Предтеча, за чиито мощи има толкова много претенденти. Така, ако се вярва на всичките, би трябвало пророкът да е имал 12 глави, 7 челюсти, 9 ръце и поне 8 пръста. Доказано автентични частици от Кръстителя обаче се намират само в българския черноморски град Созопол. Следите на библейския герой водят и към специалния отдел на музея „Топкапъ“ в Истанбул - бивш дворец на османските владетели. Там са изложени и няколко от най-свещените за мюсюлмани, християни и юдеи реликви. Сред тях освен вещите на пророка Мохамед са и стъпка на пророка Моисей, жезълът му, обкован в злато и сребро, и ръка на свети Йоан Предтеча, който също е почитан от мохамеданите под името Яхия. За нея претендира и черногорският манастир „Цетине“, но в Истанбул настояват, че десницата на светеца е именно при тях.

Същото твърдят и монасите от манастира „Свети Макарий“ в Египет. Тялото на светеца пък най-вероятно се съхранява в Александрия, където според средновековни източници то почива. Намереният скелет на мъж с липсваща глава е датиран към I вeк, което донякъде потвърждава библейския разказ. Краят на споровете и претенциите за автентичност дойде от българска земя на 28 юли 2010 година. Тогава сензация сътвориха археологическите проучвания на средновековния манастир „Свети Йоан Кръстител“ на остров Свети Иван, близо до Созопол. В основите на най-старата му църква (IV-V век) при разчистването на основата на олтарната маса екип на професор Казимир Попконстантинов откри мраморен реликварий (мощехранителница) с форма на малък саркофаг, дълъг 18 см и висок 14 см.

Реликварият от алабастър пазеше части от ръка, лицева част и зъб. Мощехранителницата, открита в олтарната част на най-стария храм на острова, е датирана от средата на V век, а върху нея разчитат и надпис. Според него през въпросния век някой си Тома пренесъл точно на рождения ден на свети Йоан Предтеча неговите свети мощи. Днес учените са категорични, че това са първите останки, считани за част от тялото на свети Йоан Кръстител. Те са открити и в автентична археологическа среда, и в надписан реликварий, който е останал затворен 1500 г. след полагането им в него. И още - това са първите предполагаеми мощи на Предтечата, които са подложени на изотопен и ДНК анализ. Получените резултати изненадват с близостта, която имат до библейската история и личност на Йоан Кръстител.