Българската православна църква (БПЦ) се оказа най-запазеният отдел на Държавна сигурност, където дори и повече от 20 години след падането на комунизма необезпокоявано работят и до днес агенти с цветисти псевдоними. От 15 митрополити, ръководещи епархиите на БПЦ и служещи уж на Бога, 11 са заработвали и по второ направление като сътрудници на секретните служби, оповести комисията по досиетата. Най-неочаквано сред тях не е патриарх Максим, за когото винаги е имало съмнения, че също е ченге. Той е сред малкото, за които не са били открити данни да са сътрудничели на ДС. Необвързани са още ловчанският митрополит Гавриил, доростолският Амвросий и най-младият сред висшите духовници – ексцентричният пловдивски митрополит Николай. БПЦ дълго време отказваше да даде съгласие за проверка на клира. Официалният мотив, който бе редовно изтъкван, е, че църквата не е държавен или обществен орган, а символ на вярата и не подлежи на подобни проверки. Агенти на ДС са били и осем духовници в мюсюлманското вероизповедание начело с главния мюфтия Мустафа Алиш Хаджи – агент Андрей. Назначили го през 1973, като дори е растял в службата – от редови доносник до инспектор в ДС. Като ухо на службите се е подвизавал и софийско-пловдивският католически епископ Георги Йовчев – агент Петър. Назначен е малко преди срутването на комунизма, но продължил да работи за ДС и след 1989.
Впечатление прави, че при повечето митрополити на БПЦ не е посочена дата, на която са преустановили агентурната си дейност. Изключение прави само ръководителят на епархията в САЩ, Канада и Австралия митрополит Йосиф, който е спрял да пише доноси през 1988 г. За повечето от духовниците има данни, че са работили срещу заплащане. Почти
всички са сътрудничели на Шесто управление
- политическата полиция, някои са били към Първо главно управление - разузнаването, а западно- и средноевропейският митрополит Симеон е бил и в контраразузнаването. Той е минал през всички нива на ДС, бил е агент, секретен сътрудник с псевдоними Христов и Торис, а впоследствие през 1967 г. е станал и щатен служител на Първо главно управление. Вербуван е още през 1964 г. За него има собственоръчно написани агентурни сведения, документи за получено възнаграждение, разходни документи, отчетени от ръководили го щатни служители, а личното и работното му дело е в 27 тома.
Варненски и великопреславски митрополит Кирил, добил популярност с влечението си към скъпите лимузини, е бил секретен сътрудник и агент под псевдонимите Ковачев и Владислав. В досието му са намерени собственоръчно написани агентурни сведения, документи за получено възнаграждение, разходни документи и др. За него има и регистрирано писмо от ноември 1990 г. с искане "да бъдат заличени от всички картотеки данните" за “Владислав". Митрополит Кирил е регистриран в Първо главно през 1976 г., като е възстановен и пререгистриран през юни 1989 г.
Агент и секретен сътрудник с псевдоними Николов и Зографов е бил митрополитът на САЩ, Канада и Австралия Йосиф. Той е вербуван сравнително късно - през 1980 г., като през 1983 г. е регистриран към разузнаването. Получавал е пари за доносите си. Данните сочат, че ДС се отказала от услугите му в самото навечерие на падането на комунизма - през 1988 г.
Плевенският митрополит Игнатий също е бил агент и секретен сътрудник с псевдоними Пенев и Германски. Той е
с особени заслуги пред БКП
- освен агент на ДС тайно е работил и като редови милиционер, зачислен в Окръжна дирекция на милицията в Стара Загора. В ДС е пишел доноси както за разузнаването, така и за политическата полиция. Вербуван е през 1980 г.
Видинският митрополит Дометиан е бил агент Добрев. Той също има свои донесения, няма данни за получени хонорари. Вербуван е 1972 г. Сливенският митрополит Йоаникий е бил агент Кирилиевич, като от 1977 г. също тайно е бил и редови милиционер към дирекцията в Сливен. Разбира се, трудил се е и в Шести отдел на ДС.
Великотърновският митрополит Григорий като агент Ваньо също е служил двойно на партията. Той е бил зачислен в милиционерските дирекции едновременно във Велико Търново и в Стара Загора, а впоследствие е бил регистриран към Шесто управление. Вербуван е през 1975 г. Врачанският митрополит Калиник е имал два псевдонима като агент – Рилски и Велко. През 1990 също праща молба до МВР да изчистят досието му.
Неврокопският митрополит Натанаил е бил агент Благоев. Зачислили го през 1980 г., при това на хонорар. Русенският митрополит Неофит в средите на ДС е бил известен като агент Симеонов. Регистриран е към Шесто главно управление, за него няма данни за лични донесения. Комисията съобщи за пореден път и името на вече обявения Старозагорски митрополит Галактион, който е бил агент Мишо.
Главният мюфтия Мустафа Алиш Хаджи е бил агент Андрей в управлението на Държавна сигурност във Велинград. Той е вербуван през ноември 1989 г. и регистриран месец по-късно.
Освен главния мюфтия Искрен Добруджалиев - член на Висшия мюсюлмански съвет до април 2011 г., също е бил агент с името Добромир. Смекчаващо вината обстоятелство е, че е работил в контраразузнаването по турско направление. Районният мюфтия на Крумовград Насуф Насуф е бил осведомител, агент и секретен сътрудник с псевдоним Христо. Регистриран е през 1971 г., сътрудничил е на военното контраразузнаване и на Шесто управление. Той също е продължил да сътрудничи и след 1989 г.